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SCI论文的写作和投稿有哪些技巧?

对于母语并非英语的我们,在写SCI论文投稿时,总是会遇到这样那样的问题。BioTechniques杂志的编辑们介绍了一系列论文写作和投稿的技巧,希望能够对大家的SCI论文写作以及投稿有所帮助。

 

Part 1:关于投稿的十条建议

本文基于投稿中的常见问题,以编辑视角给出了十条宝贵的建议。以下这些窍门虽然不能保证你的稿件一定被采用,但至少能让你的投稿对编辑和审稿人更有吸引力。

1. 了解想要投稿的刊物

每一份杂志都有自己的宗旨和覆盖领域,这样的信息在它们的网站上都有介绍。近年来,新刊物如雨后春笋一般冒出来,电子投稿又逐渐成为主流,作者们很容易忽视不同杂志的投稿指南,不进行有针对性的修改。说实话,再没什么比这样的事更令编辑心烦了,了解杂志是投稿之前的必修课。

2. 了解投稿程序和格式要求

所有杂志对稿件都有一些特殊的要求,比如稿件应采取什么格式,投稿需要提供什么材料等等。有些杂志甚至对不同类型的稿件会提出不同的要求,BioTechniques杂志就是这样。如果你忽视这些要求,编辑们可能就不会认真对待你的来稿。

3. 使用主动语态

听起来很简单是不是?实际上,使用主动语态是一种表达技巧。主动语态对于投稿而言是不是真的这么重要呢?让我们来举两个例子:

1:被动语态

Here we have demonstrated through a variety of experiments that when three additional amplification cycles are added to the existing protocol, the final product yield can often times be increased.

2:主动语态

Here we show through a variety of experiments that adding three additional amplification cycles to the existing protocol often increases the final product yield.

看到了吧,使用主动语态的句子要容易理解得多,这样的表述还提升了语句的影响力。

4. 避免冗长的表述

我们可以将上面的句子作进一步的修改,去掉含义模糊的表述(例如a variety of experiments)让句子说服力更强。

3:浓缩

Here we show that adding three amplification cycles increases final product yield.

我们可以看到,句子越简练就越容易引起读者的注意。

5. 进行仔细的核查

每个人都免不了犯错误,你的论文稿也不会那么容易就毁在几个错别字上。不过,语法和格式漏洞百出的论文,很难博得编辑和审稿人的好感。我们在投稿前应该仔细检查整篇文章,甚至请外援来帮忙校对。因为对文章越熟悉的人,越容易忽略掉其中的问题。在使用特殊术语或缩写时,检查用词的准确性和一致性也很重要,尤其是论文不同部分由不同作者完成的时候。

6. 好好写投稿信

写投稿信是投稿的一个关键步骤,这封信往往是杂志编辑对你的第一印象。投稿信应当用1-2句话直截了当地概括你的研究和关键发现。这句话最好不要直接从摘要中复制,应该写的更简短但不那么正式。此外你还应当说明,这篇文章符合这个杂志的宗旨和范畴。

7. 全面了解参考资料

当编辑给你的研究定位时,简介部分用到的参考资料是非常重要的。前文已经说过,现在的期刊比十年前多得多,因此彻底的文献检索和适当的引用很有必要,只有这样读者才能正确理解这项研究在整个领域中的地位。此外,彻底的文献检索也能增强你对相关领域现状的理解,有助于写出更有影响力的投稿信。

8. 注意图片和说明的格式

对于图片和说明,所有杂志都有自己的特殊规定。然而这样的规定很容易被作者们忽视,尤其是我们被拒稿后再投给另一份杂志时。这样的疏忽只会毫无疑义地拖长整个审稿过程,而你的论文会因为格式问题被打回来。

9. 别怕向编辑提问

编辑和审稿人并不总是正确的,他们有时也会犯错误,在回信时给出不清晰的修改意见。这时你不必埋头苦想修改要求到底是什么意思,有没有必要进行额外的实验。更简单的解决方法是,直接联系编辑问一问他需要些什么,以及他提出修改意见的原因。编辑们是非常乐意进行解释的,这往往是缩短审稿时间提高效率的最好办法。

10. 如何有效地进行反驳

在收到拒稿或者修改建议之后,我们可能需要对此进行反驳,这时应当采取恭敬有礼的态度。一般来说,这样的回复都是两三个编辑和几个审稿人经过深思熟虑做出的决定。因此,email里简单说一句你们错了,重新考虑下,是不能让编辑们改变决定的。成功的反驳,需要解决编辑或审稿人所担心的问题。这一阶段不要发送修改后的论文稿,如果编辑们提出的主要问题没有解决,他们可能根本就不会去看。此外,就算你成功反驳了编辑们的意见,他们通常还是会要求你做出特定修改然后再提交稿件。

 

Part 2:摘要的写作(上)

一般研究者们总喜欢等论文大体写成之后,才去完成两个重要的部分:标题和摘要。读者们最先看到的就是这两个部分,并且会由此决定是否要下载或者读完整篇文章。BioTechniques杂志的编辑们认为,等到最后才写摘要是没有必要的,还可能会使你写的摘要不那么吸引人。

摘要就是整篇论文的大纲,理应在写在论文主体之前。许多人认为,摘要应该提炼论文主体的精华,所以要放在最后写。问题是,这样的思路只会让论文写作最后变得更加难。何况最开始写好的摘要以后还可以做出改动,而这些改动将会是深思熟虑的结果。

绝大多数好摘要都有一个以Here we show…或类似短语开头的简单句子。这对于读者来说是一个标志,凸现了这个句子的重要性。这个句子的位置可以放在摘要的开头、中间(大多数)或者结尾。下面我们通过一个简单例子,示范一下如何构建信息含量大的Here we show…主题句。

版本1

Taken together, these results represent the first demonstration of silencing of a metabolic gene central to pathogenesis by aberrant DNA methylation, offering a possible explanation for the less malignant phenotype of XX cells relative to YY-dependent cells.

这句话有两个基本问题需要解决。首先,句子太长而且过于复杂,读完之后让人感到乏味而困惑。第二,这个句子表明了这项工作的意义所在,可以改用更直接的Here we show…句式加以强调。

版本2

Our results demonstrate silencing of a metabolic gene central to pathogenesis by aberrant DNA methylation, offering a possible explanation for the less malignant growth phenotype of XX cells relative to YY-dependent cells.

这样改就好多了,不过句子还是显得有点长。我们需要记住,Here we show…这句话就是你想要在摘要中表达的最重要的观点,因此不要在里面填充过多的信息。现在,让我们把句子截短一点。

版本3

Our results demonstrate the silencing of a metabolic gene by aberrant DNA methylation during pathogenesis. This finding offers a possible molecular explanation for the less malignant phenotype of XX cells relative to YY-dependent cells.

Here we show…分成两句话来写是可行的,只不过这两句之间的关系还不够清晰。就算把分成两句话,我们也要为之建立强有力的关联,这一点很重要。

版本4

Here we provide the first direct link between metabolic gene silencing by aberrant DNA methylation and pathogenesis. Importantly, these findings offer a possible molecular explanation for the less malignant phenotype of XX cells relative to YY-dependent cells.

这是一个理想的Here we show…句式,不仅清晰总结了研究的重要性,而且能够吸引读者继续往下读。

基本步骤如下:

步骤1:给句子加上Here we show…这样的短语,以尽量直接的方式进行表述。短语Here we provide the first direct link…,就为读者理解文章主旨做好了铺垫。

步骤2:虽然单句往往是最好的形式,但有时并不现实。作者需要在想要呈现的信息量和单句的使用之间做出抉择。句子太长读者就不会对第一部分留下足够的印象,这样还不如拆成两句来写。

步骤3:写出两句之后,我们就需要检验这两句之间关系是否紧密,这一点非常关键。

 

Part 3:摘要的写作(下)

绝大多数期刊对摘要都有字数限制(通常150-200字),那么摘要应该涵盖多少信息才合适呢?以下是一些简单技巧,希望能帮你做到去芜存菁。

不到两百字究竟能不能阐明整个论文呢?为这个问题犯难的研究者们,往往会做出两个选择。一是觉得两百字根本不足以表达关键信息,于是干脆放弃撰写摘要,只是简单将正文拷贝上去。(这可不是个好主意)二是,花费很多宝贵的时间来决定哪些信息应当保留。

编辑们常常见到,论文稿件的摘要部分罗列了太多方法和数据上的细节。这些信息可能的确很重要,但是摘要部分只能出现最关键的数据和方法,其他都应当尽量简洁的进行概述。

让我们通过一个具体的例子来看看什么叫做数据过多,以及应当如何作出改动。

版本1

shRNA-mediated knockdown or inhibition of the enzyme by the anti-convulsive drug gabapentin led to decreased proliferation in vitro as well as 3-fold up-regulation of CDK1 expression and 1/3 increase in the fraction of cells in the G1 phase of the cell cycle. Enzyme inhibition by gabapentin also resulted in a 1.65-fold intracellular accumulation of free amino acids and the reduction of glutamate secretion by 6.35%, both of which are known to promote growth and invasiveness.

这是一篇虚拟的摘要,看到这里我们不仅要问,这些数据是不是全都对文章主旨那么关键呢?在许多情况下,这么详细的描述反而会模糊作者想要表达的信息。而且对于读者来说,这一阶段的信息量也太大了。

摘要中的语句应当简洁传达重要的研究数据,之前我们已经讨论过可以用Here we show...句式来阐述主要的研究结论。

现在,让我们来做一番删减吧。

版本2

Reduced expression of the enzyme led to decreased cell proliferation in vitro, up-regulation of CDK1 and an increased fraction of cells in the G1 phase of the cell cycle. Enzyme inhibition also led to intracellular accumulation of amino acids and reduced glutamate secretion, both of which are known to promote growth and invasiveness.

我们可以看到,第二版虽然删掉了第一版中的细节描述,但相关信息依然保留在摘要中。诚然降低表达的方法可以写在摘要里,但是在有字数限制的情况下,去掉那些对表达主旨没有帮助的非必要信息是很重要的。

具体的百分比数字在这一阶段并不重要,重要的是这些改变有没有统计学或者功能上的显著性。降低表达的方法也不是关键性的信息,除非我们采用的是某种新方法或者新技术。因此,shRNA knockdown应当留在方法或结论部分去写。不过,knockdown实验的结果属于重要信息,有助于读者通过摘要理解这项研究的意义。而这些结果的支持性数据,可以放在正文里进行详细的描述。

我们要时刻牢记,摘要是全文的高度概述,应当以尽量直白的方式提供最有意义的细节。

现在,让我们再做一些小改动,让语句更加清晰和简洁。

版本3

Reduced expression of the enzyme decreases cell proliferation in vitro, up-regulates CDK1 and increases the fraction of cells in the G1 phase. Enzyme inhibition also leads to intracellular accumulation of amino acids and reduced glutamate secretion, both of which are known to promote growth and invasiveness.

这两句话的最终版本将最初的75个单词降到了46个单词。对最初和最终版本进行比较我们可以看到,尽管已经省略了许多具体细节,但总体含义依然保持不变。

在整个摘要的撰写过程中,都应该用到这样的修剪原则,尤其是开头几句。作者们常常以研究原理开头,这样的语句也应该是直接而明确的,不需要提及或者过多描述前人的数据。

摘要部分的挑战在于,如何用不到两百字阐明你的研究。在这种情况下,每一个字每一句话都应当有明确的目的,为你要表达的主要信息服务,若非如此那么就干净利落的删掉它们吧。

 

Part 4:如何写好简介部分(Introduction

人们通常认为简介应该放在材料、方法、结果和讨论之后写。那么,我们为什么要提前探讨简介的写作技巧呢?这是因为大家在写简介的时候常常遇到问题,而且这里介绍的技巧也同样适用于整个论文稿的写作。如果能够把握好简介的目的和基本结构,就可以有效避免冗长的文段,同时帮助你更有效的构建论文的其他部分。

怎样才能写好简介呢?简介部分应该能够总结文章的主题,展示主要的参考资料,介绍自己的实验设计。我们在写简介的时候应当牢记一点,这里是向读者传达文章重要观点的地方。

我们可以把简介分成三个基本部分:(i)提出要研究的问题,(ii)阐述研究这一问题的合理性和必要性,(iii)简单说明解决问题所用的方法。

(i) 提出问题

简介部分的头两段应该用来告诉读者,这项研究处于怎样的背景之下,将要探讨什么问题。换句话说,就是阐明这项研究与其他人的工作有何关系。让我们以下面这篇范文为例:

Next generation sequencing is revolutionizing our understanding of the links between genotype and phenotype at scales that were unimaginable a few years ago. Genome-wide association studies are now routinely conducted to explore the genomic basis for phenotypic variation (1) or disease predisposition (2), as well as to identify the genomic elements that underlie adaptive evolutionary responses (3).

Although such genome level association studies are powerful, they are labor-intensive to execute, as they require not only sequencing of entire genomes, but also that the collected genomic data be carefully parsed, assembled, and accurately annotated. This is most easily done when closely related and well-annotated reference genomes are available for comparison. However, genome assembly and annotation become substantially more difficult with increasing evolutionary distance to the reference genome.

我们可以从开头这两段明确看出,文章将要探讨的是二代测序问题。第一段通过研究背景的介绍,将这项工作置于一个更大的环境之下。现在有不少论文稿忽视了这一点,没有提供足够的背景知识,结果那些不太熟悉相关领域的读者,就可能意识不到整个研究的意义。作者在第二段将读者引向了整个研究的核心问题,通过逐渐细化的信息完成了有针对性的概述。

(ii) 建立合理性

文章进行到这里,读者对你的研究课题已经有了一个基本的理解,下一步就是要明确整个研究的合理性和必要性。我们应该让读者明白,这项研究为什么要进行,研究的主要目的是什么。如果不是投稿专业领域的特殊期刊,而是投稿给读者群更广的综合性期刊,那么这一点就特别重要。让我们看看这篇文章的作者是怎么做的:

Unfortunately, no technology yet exists that allows researchers to efficiently explore genetic variation across evolutionarily divergent organisms for large sets of pre-specified target genes, such as those that determine pelage color in vertebrates (5), or those involved in particular physiological adaptations (6,7). PCR amplification, the main and for a long time only technology for targeting specific DNA regions for sequencing, is generally too labor intensive, costly, and inconsistent to generate such multigene data sets.

这段文字很好地强调了相关领域对新方法的需求。简介写到这里,作者已经(i)在头两段里介绍了当前的研究情况以及可用的技术,(ii)阐明了整个研究的合理性和必要性。文章用词明确而直接,the fact that no technology is currently available to这种语句能让人清楚理解整个研究的必要性。

(iii) 问题如何解决

简介最后一段应该用来强调这项研究所用的方法,并且简单描述你的主要发现。这样的内容能够为后文(详细的实验设计、试验方法和结果数据)很好的做出铺垫。这一部分的重点是问题如何解决,主要发现只需要蜻蜓点水的提及。(讨论部分正好与此相反,这一点我们将会在之后的系列文章中谈到。)

让我们看看范文的简介部分是如何结尾的:

Here we describe a gene capture method that is effective for capturing a pre-specified set of protein coding genes across species that have been evolving independently for hundreds of millions of years, using a single bait array. We have achieved this by tuning the stringency of the hybridization and washing steps of the procedure to optimize retention of target versus non-target DNA fragments, and by conducting two rounds of gene capture whereby the captured products from the first round are used as templates to augment a second round of gene capture.

这段文字的第一句解释了作者的主要发现(一种新方法),同时第二句向读者清晰说明了研究如何进行。这样的表述顺序,使文章能够自然而然地从简介过渡到材料和方法部分,在那里展开进一步的细节。

采用这样的三段式结构来写简介,将会是一个很好的开始。

 

Part 5:提供尽可能详细的材料方法

 

Part 6:如何写好讨论 

格式和风格要投其所好

我们一直在强调要了解自己投搞的期刊,但是总有许多作者不重视这一点。其实我们只要好好看看期刊上的文章结构,就能了解自己应该怎样准备论文稿。

BioTechniques杂志要求来稿将结果部分和讨论部分结合起来写,为什么呢?这是因为杂志关注的主要是技术进步和改良。在描述结果的时候很容易过渡到研究的重要性和应用价值,这样的结构看起来更为顺畅。这一点和那些关注基础研究的杂志并不相同。

让我们来做个小测验,猜一猜以下三段话哪些来自于结果部分,哪些来自讨论部分:

1.“In order to show that the microsatellite regions that were sequenced were also useful for the development of polymorphic markers, we synthesized primers flanking 29 microsatellite regions in F. circinatum. Of these, 19 produced single amplicons, and their application on a set of only eight F. circinatum isolates showed that 13 primer pairs targeted polymorphic microsatellite loci (Table 2).

2.“The results of this study clearly demonstrate that sequencing essentially all enriched PCR amplification products for microsatellite regions using 454 genome sequencing technology represents a superior alternative to conventional screening of clone libraries using Sanger sequencing.

3.“At the time of this study, the cost of generating the 1692 unique sequences that were obtained for F. circinatum through pyrosequencing would have been 62% greater if Sanger sequencing was employed. When only amplifiable micro-satellites are considered, pyrosequencing resulted in a 276% cost reduction per microsatellite.

答案是,这三段话都是从讨论部分摘取的。由此可见,结果部分和讨论部分的界限其实很容易模糊。怎样才能把我们的研究更有效更清晰地展现出来呢。

第一,结论部分只用来展示数据。这里不要加入过多的分析或说明,把这些语句留到讨论部分去。这样一来,读者就不会在讨论部分有一种“似曾相识”的感觉。如果你在结果部分花费了大量时间作解释,这就意味着你已经模糊了结果和讨论的界限。

第二,不要把过于详细的数据带到讨论部分。比如,例句1中的引物和扩增子细节更适合放在结果部分,而评论性的语句应该留到讨论部分。再看例句3,关于如何降低成本的细节可以放在结果部分,而这些数据的意义适合在讨论部分详细阐述。

展望不能扯太远

很多时候一篇文章从头看下来都很好,但结尾却出现了过度解读,把研究的意义和影响写得太深远。实际上,这样做是完全没有意义的,只会让审稿人萌生把文章打回去的冲动。就像从实验结果得出结论那样,讨论部分的未来展望也应该是合乎逻辑的结果。比起一个推测性的“空洞”展望,以“Here we show…”这样的陈述句结尾其实要好得多。

对于一个新手来说,结果和讨论部分总是有点令人望而生畏。这两部分主要用于解释你的发现,阐明这些发现与前人的工作有何联系。只要我们以合乎逻辑的方式展示数据,结果和讨论分工明确,避免过分吹嘘研究的意义,你的文稿就更容易顺利通过同行评议。

 

以上中文介绍摘自生物通网站(http://www.ebiotrade.com/),并稍作修改。

 

原文下载:Manuscript Tips.pdf

 
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